Karnaka zahájil svou profesionální kariéru v Bilbau, z něhož v roce 1997 přestoupil do Realu. S madridským klubem vyhrál v roce 2000 Ligu mistrů a v následující sezoně španělský titul. V roce 2002 se vrátil do Bilbaa, jeho další kariéru ale přibrzdila zranění.
"Prožil jsem tu několik nádherných let," řekl Karnaka v rozhovoru pro list AS. "Je velice těžké se rozloučit, protože Athletic mi dal všechno a udělal ze mne takového člověka a hráče, jakým jsem," dodal.
